根據相關規定，有下列情況之一的，相關軟件著作權登記申請將被駁回，不予登記并書面通知申請人：

（一）提交的鑒別材料不是《條例》規定的軟件程序和文檔的；

（二）申請登記的軟件存在權屬爭議的；

（三）表格內容填寫不完整、不規范，且未在指定期限內補正的；這里的補正期限是指登記中心要求補正的通知之日起30日內；

（四）申請文件中出現的軟件名稱、權利人署名不一致，且未提交證明文件的。

以上就是軟件著作權登記申請被否決的幾種情況，對于登記機關不予登記的軟件著作權登記申請，其已經繳納的申請費用不予退回。